交通運輸部規劃研究院為交通運輸部直屬事業單位（正局級），于1998年3月成立，由原交通部公路規劃設計院和原交通部水運規劃設計院中從事規劃工作的部門成建制合并組成。建院10多年來，規劃院承擔完成了交通發展規劃研究、戰略研究及政策研究，公路、水路、支持系統建設項目前期及后評價，規劃項目環境影響評價，交通行業規劃理論方法研究，交通量調查及預測，交通規劃數據庫建設及維護，交通工程建設項目咨詢、預、工可研究，工程設計與工程咨詢等1000多項。完成交通基礎設施重點建設項目預、工可項目代交通運輸部審查（核）及代國家發展改革委評估咨詢1500多項。完成了大量臨時性、應急性的任務。由規劃院編制、經國務院常務會議通過的《國家高速公路網規劃》、《農村公路建設規劃》、《長江三角洲、珠江三角洲、渤海灣三區域沿海港口建設規劃》、《全國沿海港口布局規劃》、《全國內河航道與港口布局規劃》、《國家水上安全和救助系統建設規劃》等6個國家級規劃，以及長三角、泛珠三角、東北老工業基地、中部崛起、京津冀暨環渤海等區域交通發展規劃，上述規劃構成了覆蓋國家高速公路、農村公路、沿海港口、內河航道與港口、水上安全監管和救助等較為完整的交通運輸中長遠發展規劃體系，為交通運輸行業全面、協調和可持續發展提供了強有力的支撐。